Spatial Transcriptomics Begriffe
Verfahren zur Messung der Genexpression unter Erhalt der räumlichen Information im Gewebe. Es handelt sich um eine Kombination aus histologischer Analyse und RNA-Sequenzierung, um zu erkennen, wo genau im Gewebe welche Gene exprimiert werden, um hochauflösende Einzelzell-Informationen mit räumlichem Kontext zu verknüpfen. Identifikation von Expressions-Hotspots und Resistenznischen.
| Immunhistochemie (IHC) | Färbemethode zum Nachweis spezifischer Proteine in Gewebeschnitten. |
| TME (Tumormikroumgebung) | Spatial Transcriptomics erlaubt die Analyse von Interaktionen zwischen Tumorzellen mit umgebenden Immun-, Stroma- und Gefäßzellen im räumlichen Kontext. |
| Xenium (10x Genomics) | Direkte RNA-Erkennung im Gewebe, einzelzellular und sogar subzellulär (mehrere Marker pro Zelle). |
| Spots / Patches | Positionen auf dem Träger (Slide), an denen RNA sequenziert wird. |
| Spatial Mapping | Zuordnung von Transkriptionsdaten zu histologischen Gewebestrukturen. |
| Cell Typing | Bestimmung der Zelltypen in bestimmten Geweberegionen anhand Expressionsprofilen. |
| Spatial Clustering | Erkennung funktioneller „Hotspots“ im Gewebe, z. B. Immuninfiltrate oder resistente Zellnischen. |
| Integration mit single-cell Daten | Kombinierte Analyse von Single-cell RNA-Seq und Spatial Transcriptomics zur Verbesserung der Zelltypauflösung. |
